Urkundlich wurde die Pfarrei erstmals im Jahre 1183 erwähnt. Es ist aber anzunehmen, dass in Hüfingen schon viel früher Christen gelebt haben. In Gräbern, die um das Jahr 600 n. Chr. entstanden sind, wurden Silberscheiben gefunden, die ein Marienbild und ein Bild des hl. Georg darstellen. Über lange Zeit musste ein Teil der Hüfinger Einwohner zum Gottesdienst nach Bräunlingen. Der Konstanzer Bischof, Hermann II. erwähnt in einer Urkunde um 1183 die Schenkung der Pfarrei an das Kloster St. Märgen, welches auch die Pfarrstelle besetzte. Nach und nach gingen die Besitzrechte an die Freiherren von Schellenberg, welche auch die Patronatsrechte übernahmen. Im Jahr 1742 übernahmen die Fürsten von Fürstenberg testamentarisch das Patronatsrecht der Pfarrei Hüfingen. Es blieb erhalten bis zur Abschaffung im Jahr 1965. Aus dem 12. Jahrhundert stammen die Überreste einer romanischen Apsis, die unter dem Fußboden des Chorraums der Stadtkirche erhalten sind.
In der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts entstand das Langhaus der Kirche, wie es heute noch erhalten ist. Der Chorraum wurde im Jahr 1693 zu seiner jetzigen Größe erweitert. Der Helm, mit dem grünen Ziegeldach ziert den gotischen Turm, der früher als Wehrturm diente, seit dem Jahr 1613. Die Kirche wurde 1811 barockisiert. Der Hochaltar ist ein gemeinsames Werk der hüfinger Künstler aus dem Jahr 1812. Das Altarbild stammt von J. B. Seele, der seine Kindheit in Hüfingen verbrachte und das Bild den Hüfinger Bürgern schenkte.
