Pfarrlich war Waldhausen bereits im 8. Jahrhundert Filiale der vom Kloster Reichenau gegründeten Pfarrei St. Remigius in Bräunlingen. Die Schweizer Klöster St Gallen und Allerheiligen, später im 14. Jahrhundert wechselte das Patronat in den Einflussbereich des Klosters St. Blasien. Das Kirchlein wurde 1447 anlässlich der Abnahme von 2 Glocken erstmals urkundlich erwähnt.